Kad 1932. gadā Raipolē uzcēla jaunu mūra baznīcu, veco koka ēku pārveda uz Zilupi, jo tur nebija sava dievnama. To pilnveidoja un 1934. gadā bīskaps Jāzeps Rancāns konsekrēja baznīcu Vissvētās Jēzus Sirds godam.

2013. gadā tika novērtēts ēkas tehniskais stāvoklis un  konstatēts, ka ēka ir ekspluatācijai bīstama un ka arī renovēt to vairāk nav iespējams. Tāpēc Rēzeknes – Aglonas diecēzes bīskaps Jānis Bulis pieņēma lēmumu veco baznīcu nojaukt un tās vietā celt jaunu.

Zilupes baznīca tika demontēta 2014. gada 23. maijā. Tuvākajā laikā tiks novākti būvgruži un uzsākti jaunās baznīcas celtniecības laukuma sagatavošanas darbi.

Celtniecības laikā sv. Mise tiks svinēta draudzes kapelā, kas ir iekārtota jaunuzceltajā draudzes mājā.